Sorata Kanda, l'un des étudiants vivant dans le dortoir Sakurasou, un dortoir de l'Université des arts de Suimei pour les étudiants en difficulté, se voit désigné par son professeur Chihiro Sengoku, qui vit également au dortoir, la tache d'aller chercher sa cousine Mashiro Shiina et de la ramener au dortoir puisque Mashiro viens d'être transféré à l'école. Ainsi se rencontre Sorata et Mashiro, qui ne tardera pas a rencontré les autres enfants à problème de Sakurasou tandis que Sorata se rendra conte que Mashiro, elle aussi, est un enfant a problème.